A szigetekre az első lakosok valószínűleg Ceylonból (Sri Lanka) és dél Indiából érkeztek 500 körül Krisztus előtt. Az egyik elmélet az, hogy a szigetek számos tengeri nemzet kereskedelmi útvonala keresztpontjában feküdtek már Kr.e. 2000-ben is. A maldiv emberek úgy hiszik, hogy a Redin nevű napimádó nép ősei voltak az első telepesek, és ők hagyták hátra a még ma is élő gonosz szellemekkel vagy jinnissel kapcsolatos hitet és szokásokat.
A Redin nép 500 körül tűnt el vagy azokat magukba olvasztották a Ceylonból érkező buddhisták és az Indiából érkező hinduk. Mivel az építőanyag korlátozott volt, az egyes népcsoportok az épületeiket a korábbi lakosok által épített épületek alapjaira építették rá. Ezért irányul sok maldiv mecset a nap felé és nem pedig Mekka irányába. Az arab kereskedők a Távol-Keletre vivő útjuk során a 2. századtól kezdve látogatták a szigeteket. A „Pénz Szigete”-ként ismert terület hatalmas mennyiségű kagylópénzt biztosított, amely korábban nemzetközi fizetőeszköz volt.
Az iszlám vallásra való áttérés 1153-ban Krisztus után jelentős időpont a maldiv történelemben. A legenda szerint egy Rannamaari nevű tengeri dzsinn rendszeresen követelt áldozatokat fiatal szűz lányok személyében Malé városában. Abu Al Marakat, egy odalátogató észak-afrikai arab, elfoglalta az egyik áldozati lány helyét és elűzte a démont a Koránból, az iszlám szent könyvből, való felolvasással. A maldiv király akkortájt áttért az iszlámra és később Barakat lett az első szultán. Ezután hat szultán dinasztia következett – 84 szultán és szultáné. Egy esetben, amikor a portugálok első ízben érkeztek az országba a 16. században, ténylegesen két uralkodó dinasztia volt: a Malei és a Hilali.
A portugálok, akik az Indiai-óceán kereskedelmi útjain nagyobb nyereségre akartak törekedni, engedélyt kértek egy erődítmény és egy üzem felépítésére Malé városban, de nem sokkal később egyre többet akartak a maldivektől. 1558-ban Andreas Andre kapitány vezette azt a portugál inváziót, amely megölte VI. Ali szultánt. Andre uralkodott Malé városban és az ország nagy részén a következő 15 évben. A portugál uralomnak 1573-ban lett vége, amikor egy szigeti főnök, Mohammed Thakurufaan megtámadta a nagyobb portugál helyőrséget és megsemmisítette azt.
A 17. században a Maldiv Szigetek holland, majd később angol protektorátus alá kerültek, de egyikük sem hozott létre gyarmatosító adminisztrációt. Az 1860-as években Bombaiból érkező Borah kereskedők raktárakat és boltokat létesítettek Malé városában és gyorsan megszerezték a külkereskedelem majdnem kizárólagos monopóliumát. II. Mohammed Mueenuddin szultán, akinek elege lett a Borah kereskedők gazdasági szorításából, szerződést írt alá az angolokkal 1867-ben, amely garantálta a szigetek teljes függetlenségét. A Maldiv Szigetek emiatt angol protektorátus lett és biztosították az angolok számára katonai objektumok létesítését.
A szultánság választott pozíció lett az öröklés helyett, amikor megalkották a szigetek első alkotmányát 1932-ben. 1953-ban a szultánságot megszüntették és Amin Didi, mint első elnök, vezetésével kinyilvánították a köztársaságot. Alig egy év múlva Didit megdöntötték; a szultánság visszatért Mohammed Farid Didi személyében, akit megválasztottak a Maldiv Szigetek 94. szultánjának. Ugyanebben az időben az angolok engedélyt kaptak katonai repülőterük újbóli megnyitására az Abu Atollon, az ország távoli déli részén. 1956-ban a Királyi Légierő elkezdte fejleszteni a légi bázist, több száz maldiv segítségével és elvállalta a Gan szigetlakók betelepítését. De amikor Ibrahim Nasir került megválasztásra miniszterelnöknek 1957-ben, azonnal a szerződés felülvizsgálatát kérte, a tartózkodás lerövidítését és az éves fizetés megnövelését követelve.
Ezután az Addu és Suvadiva (Huvadu) atollok lakosainak a kormányzattal szembeni lázadása következett, akik ellenezték Nasir követelését, hogy a britek ne alkalmazzanak helyi munkaerőt. A brit jelenléttől felbátorodva úgy döntöttek, hogy megszakítják a kapcsolatokat és független államot alapítanak. 1962-ben Nasir hadihajókat küldött a déli atollokra és leverték a lázadást. Anglia röviddel ezután elismerte a szigetek függetlenségét és 1965-ben a Maldiv Szigetek teljes mértékben függetlenekké váltak.
Az 1968-ban hozott referendum alapján 1968-ban a szultánságot újból eltörölték és egy új köztársaságot vezettek be Nasir, mint elnök, vezetésével. Erőszakos uralma egy évtizeddel később ért véget, amikor életét féltve elmenekült az országból Szingapúrba. A haladó Maumoon Abdul Gaymoon lett elnökké választva a helyére. Gayoom azóta hatalmon van, túlélve puccsokat 1980-ban és 1988-ban. Egy negyedik öt-éves időszakra jelölték és elnökségét egy átütő referendumban erősítették meg.
Az utóbbi éveket a modernizálás, a gyors gazdasági növekedés és a legtöbb társadalmi jellemző javulása jellemzik. Ennek a növekedésnek a főbb rugói a halászat, a túrizmus és a külföldi segélyek voltak. Egyfelől nyomás érezhető a politikai liberalizálás irányában, és másfelől a muzulmán életforma megszilárdítása érdekében. A kormánynak meg kell őriznie az egyensúlyt a szigetek környezeti megóvása és a turizmus, valamint a halászat további fejlesztése között.